Thông liên thất làm thay đổi cách máu chảy qua tim và phổi. Máu giàu oxy được bơm trở lại phổi thay vì ra ngoài cơ thể. Máu giàu oxy trộn lẫn với máu nghèo oxy. Những thay đổi này có thể làm tăng áp lực máu trong phổi và khiến tim phải làm việc nhiều hơn để bơm máu.